Trichoderma está entre los agentes de control biológico más exitosos en la agricultura, formando parte de más del 60% de los biofungicidas registrados en el mundo, está presente en el mercado como bioplaguicida, biofertilizante, promotor del rendimiento y crecimiento vegetal, y como solubilizador de nutrientes en campos agrícolas o descomponedor de materia orgánica.

Se produce en formulaciones sólidas y líquidas con inóculo viable (hifas, clamidosporas y conidias) para usarlo como agente de biocontrol. Ambas formulaciones requieren el secado para obtener un producto estable con prolongada vida de anaquel. La mayoría de estos bioformulados se preparan a base de las especies T. viride, T. virens, y en mayor proporción T. harzianum. Para asegurar el éxito de Trichoderma como biocontrolador, éste debe ser inmovilizado en ciertos portadores, y preparado en formulaciones de fácil aplicación, almacenamiento, comercialización y aplicación en campo.

Otro uso industrial de este hongo es la producción de enzimas, donde T. viride y T. reesei producen abundantes enzimas hidrolíticas como celulasas, que son utilizadas en la industria de alimentos, piensos, textiles, detergentes para ropa, pulpa y papel, fermentación de alcohol de grano, procesamiento de almidón, en la industria farmacéutica y cervecera, y para la producción de biocombustibles tiene la capacidad de producir enzimas a bajo costo por la conversión de biomasa vegetal, obteniendo además bioproductos de interés industrial como azúcares y bioetanol. Además de celulasas, la producción de lacasas por especies de Trichoderma tiene importancia biotecnológica para la industria de la pulpa y el papel, así como para el bio-blanqueo, la síntesis orgánica (catalizan la oxidación de sustratos fenólicos), la clarificación de jugo y vino, la biorremediación de suelos contaminados con insecticidas, y como herramientas de diagnóstico médico (electroinmunoensayos con biosensores o detección de neurotransmisores), y además para la decolorización de colorantes tóxicos generados por la industria textil.